Z różnego typu ograniczeń badawczych może okazać się, że podstawowa opinia grafologiczna nie odpowie jednoznacznie na pytania opinii. Może na to wpłynąć niedostatek materiału porównawczego, ograniczona forma materiału porównawczego, itp. W takim przypadku wymaganym będzie sporządzenie opinii uzupełniającej. Jest ona wykonywana po usunięciu całości lub części ograniczeń badawczych. Jej celem jest wykonanie zakresu badań, który w opinii podstawowej nie był możliwy do wykonania oraz uzyskanie jednoznacznych wniosków końcowych.

W prostym podziale ekspertyza grafologiczna rozpoczynana jest od zapoznania się z zadaniami eksperta i określenia materiałów badawczych. Kolejno przeprowadza się ocenę materiału kwestionowanego i porównawczego. Następnie rozpoczynany jest etap badań konfrontacyjnych. Na podstawie badań szczegółowych formułowane są wnioski końcowe oraz wykonywane są tablice poglądowe prezentujące cechy na których oparto wniosek końcowy.